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Marcelo Agenor Pavan - One of the best experts on this subject based on the ideXlab platform.
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Survey of viruses belonging to different genera and species in noble garlic in Brazil
Scientia Agricola, 2015Co-Authors: Tatiana Mituti, Milena Leite Oliveira, Monika Fecury Moura, Renate Krause Sakate, Julio Massaharu Marubayashi, Vitor Massami Imaizumi, Marcelo Agenor PavanAbstract:Garlic (Allium sativumL.) is a host to several viruses, most commonly those belonging to theAllexivirus,Carlavirus, orPotyvirusgenera. Nine species distributed among these three genera have been reported in Brazil: two species within Carlaviruses, two within potyviruses, and five within allexiviruses. To quantify the prevalence of these viruses, young leaves from 520 plants (plants either symptomatic or asymptomatic) were collected from commercial fields grown in four Brazilian states and analyzed using universal and species-specific primers via the reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR). Potyvirus presence was positive in 306 samples (81 %), 151 of them (38 %) in mixed infections with other viruses. The most frequent potyviruses wereOnion yellow dwarf virus(OYDV, 56 %) andLeek yellow stripe virus(LYSV, 55 %). 187 samples (49 %) were positive for allexivirus, with 33 (9 %) showing single infections and 154 (41 %) showing mixed infections withGarlic virus A (GarV-A),Garlic virus B(GarV-B),Garlic virus C(GarV-C),Garlic virus D(GarV-D), and species belonging to theCarlavirus andPotyvirusgenera. The predominant species in which allexiviruses were found were GarV-A and GarV-D. Only 15 samples (4 %) were infected solely by a Carlavirus, and 63 (17 %) showed mixed infections with viruses from different genera. The dominant species of Carlavirus wasGarlic commom latent virus(GarCLV). Carlaviruses and allexiviruses are frequently associated with mixed infections with potyviruses, whereas mixed infections with Carlaviruses and allexiviruses are rare. About 70 % of the plants collected were positive for at least one species of virus.
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Bulbilhos aéreos de alho, provenientes de escapes florais, são infectados por vírus
Grupo Paulista de Fitopatologia, 2014Co-Authors: Tatiana Mituti, Milena Leite Oliveira, João Paulo Calore Nardini, Monika Fecury Moura, Maria Isabel Motta Hoffmann, Leysimar Ribeiro Pitzr Guimarães, Renate Krause Sakate, Marcelo Agenor PavanAbstract:Em campos de produção comercial de alho é comum observar plantas naturalmente infectadas por vírus dos gêneros Allexivirus, Carlavirus e Potyvirus. Os bulbilhos aéreos podem ser uma alternativa para a propagação de plantas de alho livres de vírus. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi analisar a taxa de perpetuação dos vírus de plantas infectadas para os bulbilhos aéreos. Os bulbilhos aéreos obtidos de plantas infectadas foram analisados por RT-PCR utilizando oligonucleotídeos universais para os gêneros Allexivirus, Carlavirus e Potyvirus. A taxa de perpetuação foi de 65% para allexivírus, 20% para carlavírus e 82,22% para potyvírus. Os resultados demonstraram que a perpetuação dos diferentes vírus do bulbo para os bulbilhos aéreos é elevada, inviabilizando a utilização direta dos bulbilhos aéreos provenientes de plantas matrizes infectadas por vírus. Esta metodologia deve ser utilizada somente a partir de plantas isentas de vírus
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Análise da presença de vírus em alho semente da segunda e quarta gerações, produzidos por termoterapia e cultura de tecido
Grupo Paulista de Fitopatologia, 2014Co-Authors: Milena Leite Oliveira, Tatiana Mituti, João Paulo Calore Nardini, Marcelo Agenor Pavan, Bruno Rossito De ,marchi, Daiana Bampi, Renate Krause-sakateAbstract:O alho (Allium sativum L.) pode estar naturalmente infectado por um complexo de vírus filamentosos pertencentes aos gêneros Potyvirus, Carlavirus e Allexivirus. O acúmulo destes vírus se dá, principalmente, pela sua propagação vegetativa através dos bulbilhos. Como a planta de alho cultivada não produz semente verdadeira em todo o mundo, a única forma de se obter plantas livres de vírus se dá pela cultura de tecidos dos ápices caulinares e termoterapia. Utilizando estas técnicas, alhos sementes foram produzidos na FCA- UNESP de Botucatu e avaliados via RT-PCR para a presença de potyvirus, Carlavirus e allexivirus. Na segunda geração dos microbulbilhos propagados em casa de vegetação, 6,6% de infecção foi verificada por allexivirus. Já na quarta geração foi observada incidência de 60% com allexivirus, 35% com potyvirus e todas foram negativas para Carlavirus. A alta taxa de infecção por allexivirus pode estar relacionada à maior dificuldade de remoção de espécies de vírus pertencentes a este gênero, como também já observado por outros autores, pela infecção e transmissão de vírus pelo ácaro, Aceriatulipae, durante o armazenamento dos bulbos de um ano a outro. O alho na quarta geração corresponde a bulbilhos com peso inferior a 1 grama e que não haviam sido selecionados para multiplicação comercial. A seleção para tamanho do bulbilho tem efeito positivo na escolha de bulbilhos com menores taxas de infecção por vírus, já que a técnica de termoterapia e cultura de tecidos não elimina totalmente os vírus. Os resultados também enfatizam a necessidade de se realizar fumigação no alho semente armazenado de um ano a outro a fim de evitar a transmissão de allexivirus durante o armazenamento
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First report of Shallot latent virus in garlic in Brazil.
Plant disease, 2011Co-Authors: Tatiana Mituti, Monika Fecury Moura, Renate Krause-sakate, Julio Massaharu Marubayashi, Marcelo Agenor PavanAbstract:Garlic (Allium sativum L.) can be infected by several viruses of the genera Allexivirus, Carlavirus, and Potyvirus (3). Garlic common latent virus (GarCLV) and Shallot latent virus (SLV) are the most important Carlavirus species infecting garlic, but only GarCLV has been described on garlic in Brazil. Seven hundred thirty-one samples of garlic showing mosaic symptoms and chlorotic streaking were collected from the states of Sao Paulo (Sao Manuel), Minas Gerais (Santa Juliana and Sao Gotardo), Goias (Campo Alegre and Ipameri), and Parana (Guarapuava and Piraquara) from April 2008 to July 2009 and analyzed by double-antibody sandwich (DAS)-ELISA for the presence of GarCLV and SLV using specific antiserum for SLV and GarCLV according to the manufacturer's protocol (Agdia Inc., Elkhart, IN). Cultivars sampled were Cacador, Chonan, Ito, Jonas, Quiteria, and Tropical. Fifty-five samples (7.5% of 731) tested positive for GarCLV, and none of the samples tested positive for SLV. Total RNA was extracted (2) from 15...
Tatiana Mituti - One of the best experts on this subject based on the ideXlab platform.
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Survey of viruses belonging to different genera and species in noble garlic in Brazil
Scientia Agricola, 2015Co-Authors: Tatiana Mituti, Milena Leite Oliveira, Monika Fecury Moura, Renate Krause Sakate, Julio Massaharu Marubayashi, Vitor Massami Imaizumi, Marcelo Agenor PavanAbstract:Garlic (Allium sativumL.) is a host to several viruses, most commonly those belonging to theAllexivirus,Carlavirus, orPotyvirusgenera. Nine species distributed among these three genera have been reported in Brazil: two species within Carlaviruses, two within potyviruses, and five within allexiviruses. To quantify the prevalence of these viruses, young leaves from 520 plants (plants either symptomatic or asymptomatic) were collected from commercial fields grown in four Brazilian states and analyzed using universal and species-specific primers via the reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR). Potyvirus presence was positive in 306 samples (81 %), 151 of them (38 %) in mixed infections with other viruses. The most frequent potyviruses wereOnion yellow dwarf virus(OYDV, 56 %) andLeek yellow stripe virus(LYSV, 55 %). 187 samples (49 %) were positive for allexivirus, with 33 (9 %) showing single infections and 154 (41 %) showing mixed infections withGarlic virus A (GarV-A),Garlic virus B(GarV-B),Garlic virus C(GarV-C),Garlic virus D(GarV-D), and species belonging to theCarlavirus andPotyvirusgenera. The predominant species in which allexiviruses were found were GarV-A and GarV-D. Only 15 samples (4 %) were infected solely by a Carlavirus, and 63 (17 %) showed mixed infections with viruses from different genera. The dominant species of Carlavirus wasGarlic commom latent virus(GarCLV). Carlaviruses and allexiviruses are frequently associated with mixed infections with potyviruses, whereas mixed infections with Carlaviruses and allexiviruses are rare. About 70 % of the plants collected were positive for at least one species of virus.
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Bulbilhos aéreos de alho, provenientes de escapes florais, são infectados por vírus
Grupo Paulista de Fitopatologia, 2014Co-Authors: Tatiana Mituti, Milena Leite Oliveira, João Paulo Calore Nardini, Monika Fecury Moura, Maria Isabel Motta Hoffmann, Leysimar Ribeiro Pitzr Guimarães, Renate Krause Sakate, Marcelo Agenor PavanAbstract:Em campos de produção comercial de alho é comum observar plantas naturalmente infectadas por vírus dos gêneros Allexivirus, Carlavirus e Potyvirus. Os bulbilhos aéreos podem ser uma alternativa para a propagação de plantas de alho livres de vírus. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi analisar a taxa de perpetuação dos vírus de plantas infectadas para os bulbilhos aéreos. Os bulbilhos aéreos obtidos de plantas infectadas foram analisados por RT-PCR utilizando oligonucleotídeos universais para os gêneros Allexivirus, Carlavirus e Potyvirus. A taxa de perpetuação foi de 65% para allexivírus, 20% para carlavírus e 82,22% para potyvírus. Os resultados demonstraram que a perpetuação dos diferentes vírus do bulbo para os bulbilhos aéreos é elevada, inviabilizando a utilização direta dos bulbilhos aéreos provenientes de plantas matrizes infectadas por vírus. Esta metodologia deve ser utilizada somente a partir de plantas isentas de vírus
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Análise da presença de vírus em alho semente da segunda e quarta gerações, produzidos por termoterapia e cultura de tecido
Grupo Paulista de Fitopatologia, 2014Co-Authors: Milena Leite Oliveira, Tatiana Mituti, João Paulo Calore Nardini, Marcelo Agenor Pavan, Bruno Rossito De ,marchi, Daiana Bampi, Renate Krause-sakateAbstract:O alho (Allium sativum L.) pode estar naturalmente infectado por um complexo de vírus filamentosos pertencentes aos gêneros Potyvirus, Carlavirus e Allexivirus. O acúmulo destes vírus se dá, principalmente, pela sua propagação vegetativa através dos bulbilhos. Como a planta de alho cultivada não produz semente verdadeira em todo o mundo, a única forma de se obter plantas livres de vírus se dá pela cultura de tecidos dos ápices caulinares e termoterapia. Utilizando estas técnicas, alhos sementes foram produzidos na FCA- UNESP de Botucatu e avaliados via RT-PCR para a presença de potyvirus, Carlavirus e allexivirus. Na segunda geração dos microbulbilhos propagados em casa de vegetação, 6,6% de infecção foi verificada por allexivirus. Já na quarta geração foi observada incidência de 60% com allexivirus, 35% com potyvirus e todas foram negativas para Carlavirus. A alta taxa de infecção por allexivirus pode estar relacionada à maior dificuldade de remoção de espécies de vírus pertencentes a este gênero, como também já observado por outros autores, pela infecção e transmissão de vírus pelo ácaro, Aceriatulipae, durante o armazenamento dos bulbos de um ano a outro. O alho na quarta geração corresponde a bulbilhos com peso inferior a 1 grama e que não haviam sido selecionados para multiplicação comercial. A seleção para tamanho do bulbilho tem efeito positivo na escolha de bulbilhos com menores taxas de infecção por vírus, já que a técnica de termoterapia e cultura de tecidos não elimina totalmente os vírus. Os resultados também enfatizam a necessidade de se realizar fumigação no alho semente armazenado de um ano a outro a fim de evitar a transmissão de allexivirus durante o armazenamento
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First report of Shallot latent virus in garlic in Brazil.
Plant disease, 2011Co-Authors: Tatiana Mituti, Monika Fecury Moura, Renate Krause-sakate, Julio Massaharu Marubayashi, Marcelo Agenor PavanAbstract:Garlic (Allium sativum L.) can be infected by several viruses of the genera Allexivirus, Carlavirus, and Potyvirus (3). Garlic common latent virus (GarCLV) and Shallot latent virus (SLV) are the most important Carlavirus species infecting garlic, but only GarCLV has been described on garlic in Brazil. Seven hundred thirty-one samples of garlic showing mosaic symptoms and chlorotic streaking were collected from the states of Sao Paulo (Sao Manuel), Minas Gerais (Santa Juliana and Sao Gotardo), Goias (Campo Alegre and Ipameri), and Parana (Guarapuava and Piraquara) from April 2008 to July 2009 and analyzed by double-antibody sandwich (DAS)-ELISA for the presence of GarCLV and SLV using specific antiserum for SLV and GarCLV according to the manufacturer's protocol (Agdia Inc., Elkhart, IN). Cultivars sampled were Cacador, Chonan, Ito, Jonas, Quiteria, and Tropical. Fifty-five samples (7.5% of 731) tested positive for GarCLV, and none of the samples tested positive for SLV. Total RNA was extracted (2) from 15...
Mituti Tatiana - One of the best experts on this subject based on the ideXlab platform.
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Survey of viruses belonging to different genera and species in noble garlic in Brazil
Univ Sao Paolo, 2015Co-Authors: Mituti Tatiana, Oliveira, Milena Leite, Moura, Monika Fecury, Sakate, Renate Krause, Marubayashi, Julio Massaharu, Imaizumi, Vitor Massami, Pavan, Marcelo AgenorAbstract:Garlic (Allium sativum L.) is a host to several viruses, most commonly those belonging to the Allexivirus, Carlavirus, or Potyvirus genera. Nine species distributed among these three genera have been reported in Brazil: two species within Carlaviruses, two within potyviruses, and five within allexiviruses. To quantify the prevalence of these viruses, young leaves from 520 plants (plants either symptomatic or asymptomatic) were collected from commercial fields grown in four Brazilian states and analyzed using universal and species-specific primers via the reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR). Potyvirus presence was positive in 306 samples (81 %), 151 of them (38 %) in mixed infections with other viruses. The most frequent potyviruses were Onion yellow dwarf virus (OYDV, 56 %) and Leek yellow stripe virus (LYSV, 55 %). 187 samples (49 %) were positive for allexivirus, with 33 (9 %) showing single infections and 154 (41 %) showing mixed infections with Garlic virus A (GarV-A), Garlic virus B (GarV-B), Garlic virus C (GarV-C), Garlic virus D (GarV-D), and species belonging to the Carlavirus and Potyvirus genera. The predominant species in which allexiviruses were found were GarV-A and GarV-D. Only 15 samples (4 %) were infected solely by a Carlavirus, and 63 (17 %) showed mixed infections with viruses from different genera. The dominant species of Carlavirus was Garlic commom latent virus (GarCLV). Carlaviruses and allexiviruses are frequently associated with mixed infections with potyviruses, whereas mixed infections with Carlaviruses and allexiviruses are rare. About 70 % of the plants collected were positive for at least one species of virus.Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES
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Bulbilhos aéreos de alho, provenientes de escapes florais, são infectados por vírus
Grupo Paulista de Fitopatologia, 2014Co-Authors: Mituti Tatiana, Oliveira, Milena Leite, Nardini, João Paulo Calore, Moura, Monika Fecury, Hoffmann, Maria Isabel Motta, Guimarães, Leysimar Ribeiro Pitzr, Sakate, Renate Krause, Pavan, Marcelo AgenorAbstract:In commercial garlic fields, plants naturally infected by viruses of the genera Allexivirus, Carlavirus and Potyvirus are commonly observed. Aerial bulbils may be an alternative for the propagation of virus-free garlic plants. Thus, the aim of this study was to analyze the rate of virus perpetuation from infected plants to aerial bulbils. Aerial bulbils obtained from infected plants were analyzed by RT-PCR using universal primers for the genera Allexivirus, Carlavirus and Potyvirus. Results showed that the perpetuation of different viruses from the bulb to aerial bulbils is high, impairing the direct use of aerial bulbils from virus-infected matrix plants. This methodology should use solely virus-free plants.Em campos de produção comercial de alho é comum observar plantas naturalmente infectadas por vírus dos gêneros Allexivirus, Carlavirus e Potyvirus. Os bulbilhos aéreos podem ser uma alternativa para a propagação de plantas de alho livres de vírus. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi analisar a taxa de perpetuação dos vírus de plantas infectadas para os bulbilhos aéreos. Os bulbilhos aéreos obtidos de plantas infectadas foram analisados por RT-PCR utilizando oligonucleotídeos universais para os gêneros Allexivirus, Carlavirus e Potyvirus. A taxa de perpetuação foi de 65% para allexivírus, 20% para carlavírus e 82,22% para potyvírus. Os resultados demonstraram que a perpetuação dos diferentes vírus do bulbo para os bulbilhos aéreos é elevada, inviabilizando a utilização direta dos bulbilhos aéreos provenientes de plantas matrizes infectadas por vírus. Esta metodologia deve ser utilizada somente a partir de plantas isentas de vírus.Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP
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Análise da presença de vírus em alho semente da segunda e quarta gerações, produzidos por termoterapia e cultura de tecido
Grupo Paulista de Fitopatologia, 2014Co-Authors: Milena Leite Oliveira, Mituti Tatiana, Nardini, João Paulo Calore, Pavan, Marcelo Agenor, Bruno Rossito De ,marchi, Bampi Daiana, Krause-sakate RenateAbstract:The garlic (Allium sativum L.) can be naturally infected by a complex of filamentous viruses belonging to the genera Potyvirus, Carlavirus and Allexivirus. Accumulation of these viruses occurs especially by vegetative propagation through cloves. As the cultivated garlic plant does not produce true seed worldwide, virus-free plants can only be obtained by tissue culture of stem apices and thermotherapy. Using these techniques, garlic seeds were produced at the School of Agricultural Sciences - UNESP, Botucatu, and evaluated by RT-PCR for the presence of potyvirus, Carlavirus and allexivirus. In the second generation of microcloves propagated in a greenhouse, 6.6% infection was detected, only by allexivirus. In the fourth generation, however, there was 60% incidence by allexivirus, 35% by potyvirus and all negative by Carlavirus. The high rate of infection by allexivirus may be related to the greater difficulty of removing the species of viruses belonging to this genus, as observed by other authors, and also based on the infection and transmission of the virus by the mite, Aceria tulipae, during the storage of bulbs from one year to the other. The garlic at the fourth generation corresponds to cloves weighed less than 1 gram and not selected for commercial multiplication. Selection for the size of cloves has a positive effect on the choice of cloves with lower rates of viral infection, as the technique of thermotherapy and tissue culture do not eliminate the virus completely. Results also emphasize the need of fumigation for the garlic seed stored from one year to the other in order to prevent the transmission of allexivirus during storage.O alho (Allium sativum L.) pode estar naturalmente infectado por um complexo de vírus filamentosos pertencentes aos gêneros Potyvirus, Carlavirus e Allexivirus. O acúmulo destes vírus se dá, principalmente, pela sua propagação vegetativa através dos bulbilhos. Como a planta de alho cultivada não produz semente verdadeira em todo o mundo, a única forma de se obter plantas livres de vírus se dá pela cultura de tecidos dos ápices caulinares e termoterapia. Utilizando estas técnicas, alhos sementes foram produzidos na FCA- UNESP de Botucatu e avaliados via RT-PCR para a presença de potyvirus, Carlavirus e allexivirus. Na segunda geração dos microbulbilhos propagados em casa de vegetação, 6,6% de infecção foi verificada por allexivirus. Já na quarta geração foi observada incidência de 60% com allexivirus, 35% com potyvirus e todas foram negativas para Carlavirus. A alta taxa de infecção por allexivirus pode estar relacionada à maior dificuldade de remoção de espécies de vírus pertencentes a este gênero, como também já observado por outros autores, pela infecção e transmissão de vírus pelo ácaro, Aceriatulipae, durante o armazenamento dos bulbos de um ano a outro. O alho na quarta geração corresponde a bulbilhos com peso inferior a 1 grama e que não haviam sido selecionados para multiplicação comercial. A seleção para tamanho do bulbilho tem efeito positivo na escolha de bulbilhos com menores taxas de infecção por vírus, já que a técnica de termoterapia e cultura de tecidos não elimina totalmente os vírus. Os resultados também enfatizam a necessidade de se realizar fumigação no alho semente armazenado de um ano a outro a fim de evitar a transmissão de allexivirus durante o armazenamento
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Levantamento das principais viroses na cultura do alho (Allium sativum L.) e caracterização de Carlavirus em algumas regiões produtoras do Brasil
Universidade Estadual Paulista (UNESP), 2009Co-Authors: Mituti TatianaAbstract:O alho é propagado através de bulbilhos, prática que favorece a perpetuação de patógenos, especialmente os vírus. Pode ser infectado por vírus pertencentes aos gêneros Allexivirus, Carlavirus e Potyvirus. Garlic common latent virus (GarCLV) e Shallot latent virus (SLV) são os principais Carlavirus encontrados em alho no mundo. No Brasil, existem poucas informações sobre as espécies de Carlavirus ocorrendo em alho, de modo que os objetivos do trabalho foram realizar levantamento visando determinar a ocorrência de Carlavirus em algumas regiões produtoras do País, caracterizar e identificar através de técnicas biológicas e moleculares os isolados obtidos. Novecentas e dezenove amostras foram coletadas nos estados de São Paulo, Paraná, Goiás e Minas Gerais. Através do teste de ELISA, 560 foram positivas somente para potyvirus, 53 verificou-se a infecção pelo complexo entre GarCLV e potyvirus, sete foram positivas para SLV e potyvirus, duas positivas para GarCLV e uma para SLV. Cento e oito amostras foram negativas para os testes realizados. Alguns isolados de GarCLV foram inoculados mecanicamente, utilizando extrato vegetal, em plantas de Chenopodium amaranticolor, Celosia argentea, C. murale, C. quinoa, Nicotiana occidentalis, Gomphrena globosa, Allium tuberosum (cebolinha japonesa), Allium porrum (alho-porro) e Allium fistulosum (cebolinha). A presença de anéis cloróticos e mosaico foram observados em plantas de Celosia argentea, pontos cloróticos em Nicotiana occidentalis e lesões locais em Chenopodium quinoa. 2 Os oligonucleotídeos universais e específicos para GarCLV foram eficientes para detecção de vírus. Quatorze isolados foram sequenciados, indicando se tratar de isolados de GarCLV. A identidade de nucleotídeos entre os isolados de GarCLV foram de 87% a 97% comparadas com sequências depositadas no GenBank. Pela primeira vez no Brasil, foi detectado...Garlic is propagated by bulbs, practice that favors the transmission of pathogens, especially viruses. Garlic can be infected by viruses belonging to the genus Allexivirus, Carlavirus and Potyvirus. Garlic common latent virus (GarCLV) and Shallot latent virus (SLV) are the most important Carlavirus species infecting garlic around the world. In Brazil there is no information about the species of Carlavirus occurring in garlic, so the objective of this work was to evaluate the occurrence of Carlavirus in some producing regions of Brazil and to identify and characterize the isolates by molecular and biological techniques. Nine hundred and nineteen samples were collected in the states of São Paulo, Paraná, Goiás and Minas Gerais. Through the ELISA test, 560 were positive for the presence of potyvirus, 53 were infected with GarCLV and potyvirus, seven were infected with SLV and potyvirus, two by GarCLV, and one for SLV. One hundred and eight samples were negative for the presence of viruses. 4 Some GarCLV isolates were inoculated by sap transmission on Chenopodium amaranticolor, Celosia argentea, C. murale, C. quinoa, Nicotiana occidentalis, Gomphrena globosa, Allium tuberosum Allium porrum and Allium fistulosum. The presence of rings spots and mosaic were observed on Celosia argentea, chlorotic spots on Nicotiana occidentalis and chlorotic local lesions on C. quinoa. The universal oligonucleotides for Carlavirus and the specifics for GarCLV were efficiently used for the detection of the viruses. Fourteen isolates were sequenced, indicating the presence of GarCLV species. The identity of nucleotides between the GarCLV isolates was of 87% to 97% compared to the sequences deposited in GenBank. SLV was detected for the first time in Brazil on samples collected in São Manuel and Piraquara. The nucleotide identity of the complete CP sequence was of 90% to 99% compared to the sequences... (Complete abstract click electronic access below)Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP
Maher Al Rwahnih - One of the best experts on this subject based on the ideXlab platform.
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Detection and characterization of a second Carlavirus in Rosa sp.
Archives of virology, 2020Co-Authors: Alfredo Diaz-lara, Dimitre Mollov, Deborah A. Golino, Maher Al RwahnihAbstract:A new virus resembling members in the genus Carlavirus was identified in an Out of Yesteryear rose (Rosa sp.) by high-throughput sequencing. The virus was discovered during the screening of a rose virus collection belonging to Foundation Plant Services (UC-Davis). The full genome of the virus is 8825 nt long, excluding a poly(A) tail, and includes six predicted genes coding for replicase, triple gene block, coat protein (CP), and nucleic acid binding protein. The closest relative of the putative virus is rose virus A (RVA; genus Carlavirus), with 75% and 78% aa sequence identity in the replicase and CP, respectively. The relationship with RVA and other Carlaviruses was supported by phylogenetic analyses using replicase and CP sequences. Based on genome organization, sequence identity, and phylogenetic analysis, the virus found in the Out of Yesteryear plant represents a new member of the genus Carlavirus and is provisionally named "rose virus B" (RVB). Further testing by reverse transcription PCR confirmed the presence of RVB in the original source and seven additional rose selections from the same collection.
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Complete genome sequence of rose virus A, the first Carlavirus identified in rose.
Archives of virology, 2019Co-Authors: Alfredo Diaz-lara, Dimitre Mollov, Deborah A. Golino, Maher Al RwahnihAbstract:A novel virus was discovered in a Rosa wichuraiana Crep. by high-throughput sequencing and tentatively named "rose virus A" (RVA). Based on sequence identity and phylogenetic analysis, RVA represents a new member of the genus Carlavirus (family Betaflexiviridae). The genome of RVA is 8,849 nucleotides long excluding the poly(A) tail and contains six open reading frames (ORFs). The predicted ORFs code for a replicase, triple gene block (TGB), coat protein, and nucleic acid binding protein, as in a typical Carlavirus. RVA is the first Carlavirus identified in rose and has the highest nucleotide sequence similarity to poplar mosaic virus. Reverse transcription-PCR-based assays were developed to confirm the presence of RVA in the original source and to screen additional rose plants.
Renate Krause-sakate - One of the best experts on this subject based on the ideXlab platform.
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Análise da presença de vírus em alho semente da segunda e quarta gerações, produzidos por termoterapia e cultura de tecido
Grupo Paulista de Fitopatologia, 2014Co-Authors: Milena Leite Oliveira, Tatiana Mituti, João Paulo Calore Nardini, Marcelo Agenor Pavan, Bruno Rossito De ,marchi, Daiana Bampi, Renate Krause-sakateAbstract:O alho (Allium sativum L.) pode estar naturalmente infectado por um complexo de vírus filamentosos pertencentes aos gêneros Potyvirus, Carlavirus e Allexivirus. O acúmulo destes vírus se dá, principalmente, pela sua propagação vegetativa através dos bulbilhos. Como a planta de alho cultivada não produz semente verdadeira em todo o mundo, a única forma de se obter plantas livres de vírus se dá pela cultura de tecidos dos ápices caulinares e termoterapia. Utilizando estas técnicas, alhos sementes foram produzidos na FCA- UNESP de Botucatu e avaliados via RT-PCR para a presença de potyvirus, Carlavirus e allexivirus. Na segunda geração dos microbulbilhos propagados em casa de vegetação, 6,6% de infecção foi verificada por allexivirus. Já na quarta geração foi observada incidência de 60% com allexivirus, 35% com potyvirus e todas foram negativas para Carlavirus. A alta taxa de infecção por allexivirus pode estar relacionada à maior dificuldade de remoção de espécies de vírus pertencentes a este gênero, como também já observado por outros autores, pela infecção e transmissão de vírus pelo ácaro, Aceriatulipae, durante o armazenamento dos bulbos de um ano a outro. O alho na quarta geração corresponde a bulbilhos com peso inferior a 1 grama e que não haviam sido selecionados para multiplicação comercial. A seleção para tamanho do bulbilho tem efeito positivo na escolha de bulbilhos com menores taxas de infecção por vírus, já que a técnica de termoterapia e cultura de tecidos não elimina totalmente os vírus. Os resultados também enfatizam a necessidade de se realizar fumigação no alho semente armazenado de um ano a outro a fim de evitar a transmissão de allexivirus durante o armazenamento
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First report of Shallot latent virus in garlic in Brazil.
Plant disease, 2011Co-Authors: Tatiana Mituti, Monika Fecury Moura, Renate Krause-sakate, Julio Massaharu Marubayashi, Marcelo Agenor PavanAbstract:Garlic (Allium sativum L.) can be infected by several viruses of the genera Allexivirus, Carlavirus, and Potyvirus (3). Garlic common latent virus (GarCLV) and Shallot latent virus (SLV) are the most important Carlavirus species infecting garlic, but only GarCLV has been described on garlic in Brazil. Seven hundred thirty-one samples of garlic showing mosaic symptoms and chlorotic streaking were collected from the states of Sao Paulo (Sao Manuel), Minas Gerais (Santa Juliana and Sao Gotardo), Goias (Campo Alegre and Ipameri), and Parana (Guarapuava and Piraquara) from April 2008 to July 2009 and analyzed by double-antibody sandwich (DAS)-ELISA for the presence of GarCLV and SLV using specific antiserum for SLV and GarCLV according to the manufacturer's protocol (Agdia Inc., Elkhart, IN). Cultivars sampled were Cacador, Chonan, Ito, Jonas, Quiteria, and Tropical. Fifty-five samples (7.5% of 731) tested positive for GarCLV, and none of the samples tested positive for SLV. Total RNA was extracted (2) from 15...